โดยทั่วไปขั้นตอนการต่อขนตา จะใช้ขนตาปลอม 1 เส้น (อาจถึง 4 เส้น) ติดไปที่ขนตาธรรมชาติห่างจากเปลือกตา 1 มิลลิเมตรด้วยกาว โดยเฉลี่ยตาแต่ละข้างจะใช้ขนตาปลอมจำนวน 60-140 เส้น ดังนั้น ในขั้นตอนการต่อขนตาอาจทำให้เกิดการบาดเจ็บ การแพ้
หรือติดเชื้อที่เปลือกตา เยื่อบุตา หรือกระจกตาได้

1. บาดเจ็บ เครื่องมือที่ใช้หยิบเส้นขนตาปลอมนั้นมีความแหลม หากทำโดยช่างที่ไม่ชำนาญอาจพลาดไปโดนเยื่อบุตาหรือกระจกตา ทำให้เกิดแผล จะมีอาการเจ็บตา ตาแดง น้ำตาไหล ลืมตาไม่ขึ้น หรืออาจบาดเจ็บจากกาวที่ใช้ติดขนตา หากติดขนตาชิดขอบตามากเกินไปเมื่อกาวแห้งและแข็งจะไปขูดโดนผิวดวงตาได้

2. อาการแพ้ มีรายงานการแพ้กาวหรือส่วนประกอบที่อยู่ในกาว เช่น ลาเท็กซ์ (latex)
สารฟอร์มาลดีไฮด์ (formaldehyde) ทำให้มีอาการระคายเคืองตา คันตา ตาแดง เยื่อบุตาอักเสบ เปลือกตาบวมแดง

3. ติดเชื้อ มักเกิดจากเครื่องมือ/วัสดุต่อขนตาไม่สะอาด เมื่อมีเชื้อแบคทีเรียสะสมจะก่อให้เกิดโรคเปลือกตาอักเสบหรือตากุ้งยิง

4. ตาแห้ง หลังต่อขนตาหากไม่ดูแลรักษาความสะอาดจะทำให้ต่อมไขมันที่เปลือกตาอุดตัน นำไปสู่ภาวะตาแห้งได้

5. ขนตาหลุดร่วง การขยี้ตาบ่อย ๆ ดึงขนตา หรือติดขนตาปริมาณมากหรือยาวเกินไป
อาจทำให้เกิดแรงดึงรั้งจนไปทำลายรากขุมขนของขนตา หรือที่เรียกว่า tractional alopeci